Św. Piotr poniósł śmierć męczeńską według podania na wzgórzu watykańskim. Miał być ukrzyżowany według świadectwa Orygenesa głową na dół na własną prośbę, gdyż czuł się niegodnym umierać na krzyżu jak Chrystus. Cesarz Konstantyn Wielki wystawił ku czci św. Piotra nad jego grobem Bazylikę. Obecna Bazylika Św. Piotra w Rzymie pochodzi z wieku XVI-XVII, budowana została w latach 1506-1629. Przy Bazylice Św. Piotra jest usytuowane „Państwo Watykańskie”, istniejące w obecnym kształcie od roku 1929 jako pozostałość dawnego Państwa Kościelnego. Bazylika wystawiona na grobie św. Piotra jest symbolem całego Kościoła Chrystusa.
Oprócz tej najsłynniejszej świątyni, wystawionej ku czci św. Piotra Apostoła, w samym Rzymie istnieją ponadto: kościół św. Piotra na Górze Złotej (Montorio), czyli na Janikułum, zbudowany na miejscu, gdzie Apostoł miał ponieść śmierć męczeńską; kościół św. Piotra w Okowach, wystawiony na miejscu, gdzie św. Piotr miał być więziony; kościół świętych Piotra i Pawła; kościółek „Quo vadis” przy Via Appia, wystawiony na miejscu, gdzie Chrystus według podania miał zatrzymać Piotra, usiłującego opuścić Rzym.
W czasie prac archeologicznych przeprowadzonych w podziemiach Bazyliki św. Piotra w latach 1940-1949 znaleziono pod konfesją (pod głównym ołtarzem Bazyliki) grób św. Piotra.
Św. Paweł poniósł śmierć męczeńską w Rzymie ok. 67 roku. Wcześniej aresztowany został w Jerozolimie w 60 r. Przebywał w więzieniu w Cezarei Palestyńskiej ponad dwa lata, głosząc i tam Chrystusa. W Rzymie także jakiś czas spędził jako więzień, aż dla braku dowodów winy został wypuszczony na wolność. Ze swojego więzienia w Rzymie Paweł wysłał szereg listów do poszczególnych gmin i osób. Po wypuszczeniu na wolność zapewne udał się do Hiszpanii (Rz 15, 24-25), a stamtąd powrócił do Achai. Nie wiemy, gdzie został ponownie aresztowany.
Według starożytnego podania św. Paweł miał ponieść śmierć od miecza. Nie jest znany dzień jego śmierci. Za to dobrze zachowano w pamięci miejsce jego męczeństwa Aquae Salviae za Bramą Ostyjską w Rzymie. Ciało Męczennika złożono najpierw w posiadłości św. Lucyny przy drodze Ostyjskiej. W roku 284 za czasów prześladowania, wznieconego przez cesarza Waleriana, przeniesiono relikwie Apostoła do Katakumb, zwanych dzisiaj Katakumbami św. Sebastiana przy drodze Apijskiej. Być może, na krótki czas spoczęły tu także relikwie św. Piotra. Po edykcie cesarza Konstantyna Wielkiego (313) ciało św. Piotra przeniesiono do Watykanu, a ciało św. Pawła na miejsce jego męczeństwa, gdzie cesarz wystawił ku jego czci bazylikę pod wezwaniem św. Pawła.